Антибиотики разрушают полезные бактерии в толстой кишке, вагине и во рту, при этом скорее всего проявятся другие инфекции, в особенности дрожжевые. Антибиотики также приводят к недомоганиям в пищеварительном тракте, таким, как повышенная ассимиляция питательных веществ, тошнота, газы и кишечный дискомфорт. Многие антибиотики плохо воздействуют на печень и почки.